Italian ylimmän hallintotuomioistuimen (Consiglio di Statossa) pyytämässä ennakkoratkaisuasiassa (C-301/12) on lyhyesti ilmaistuna kysymys Natura 2000-verkostoon kuuluvan alueen ympäristön tilan huonontumiseen liittyen toimivallasta ehdottaa verkostosta poistamista. EUTI:n ratkaisussa on toimivalan lisäksi mielenkiintoista se, että tuomioistuin otti kantaa myös jäsenvaltion velvollisuuteen ehdottaa komissiolle verkostoon kuuluvan alueen poistamista.
EUTI:n ratkaisun mukaan luontodirektiivin (92/43/ETY) artiklaa 4(1) (jäsenvaltion velvollisuus laatia luettelo alueista), artiklaa 9 (komission arviointivelvollisuus ja mahdollisuus poistaa alue verkostosta) ja artiklaa 11 (jäsenvaltioiden suojelun tason seurantavelvollisuus) on tulkittava siten, että jäsenvaltioiden toimivaltaisilla elimillä on velvollisuus ehdottaa Euroopan komissiolle yhteisön tärkeinä pitämien alueiden luetteloon merkityn alueen poistamista luettelosta, kun kyseiseen alueeseen sisältyvän maa-alueen omistaja on vaatinut sitä kyseisiltä elimiltä ja väittänyt alueen ympäristön huonontuneen, siltä osin kuin vaatimus perustuu siihen seikkaan, että mainittu alue ei direktiivin 6 artiklan 2–4 kohdan säännösten noudattamisesta huolimatta lopullisesti voi enää myötävaikuttaa luontotyyppien sekä luonnonvaraisen eläimistön ja kasviston suojeluun tai Natura 2000 -verkoston aikaansaamiseen. EUTI toteaa argumentaatiossaan ensiksi, että luettelosta poistamiseen on sovellettava samaa menettelyä kuin luetteloon ottamisen osalta on säädetty, kun poistamisesta ei ole erityisesti säädetty. Sen mukaan tilanteessa, jossa luetteloon ottamisen arviointiperusteita ei pystytä täyttämän, jäsenvaltion on laadittava ehdotus, jolla luettelo täyttäisi arviointiperusteet. EUTI toteaa myös, että jäsenvaltioilla oleva velvollisuus ehdottaa komissiolle luetteloon merkityn alueen poistamista luettelosta, kun alue on muuttunut peruuttamattomasti sopimattomaksi täyttämään direktiivin tavoitteet, on sitäkin tiukempi, kun alue sisältää maa-alueen, joka kuuluu omistajalle, jonka omaisuudensuojaa luetteloon merkitseminen rajoittaa, vaikka ei enää ole perusteltua, että alueeseen sovelletaan kyseisen direktiivin säännöksiä. (Ks. tarkemmin päätöksen kohdat 25-36).
Toimivallan osalta EUTI katsoi, että luontodirektiivin (92/43/ETY) artikla 4(1), artikla 9 ja artikla 11 eivät ole esteenä kansalliselle lainsäädännölle, jossa annetaan ainoastaan alueellisille julkisyhteisöille toimivalta ehdottaa yhteisön tärkeinä pitämien alueiden luettelon mukauttamista mutta ei säädetä tällaisesta toimivallasta niiden ohella valtiolle edes toissijaisesti sen varalta, että alueelliset julkisyhteisöt laiminlyövät toimenpiteisiin ryhtymisen, siltä osin kuin kyseisellä toimivallan antamisella taataan kyseisen direktiivin säännösten asianmukainen soveltaminen. On siis jäsenvaltion omassa harkinnassa mille viranomaiselle toimivalta ehdottaa verkostosta poistamista kuuluu.
Suomen luonnonsuojelulaissa ei ole nimenomaista säännöstä verkosta poistamista koskevasta toimivallasta. Ottaen huomioon luonnonsuojelulain 64 §:n viittauksen sen 8 §:ään, toimivalta kuulunee valtioneuvostolle ja asian valmisteluvelvollisuus kuuluisi ympäristöministeriölle. (Myöskään luonnoksessa hallituksen esitykseksi laiksi luonnonsuojelulain muuttamisesta 11.2 .2014 ei verkostosta poistamiseen liittyviä säännöksiä ehdoteta sisällytettäväksi luonnonsuojelulakiin, vaikka ehdotus sisältää monia muutoksia ja lisäyksiä luonnonsuojelulain 10 lukuun.)
EUTI:n ratkaisussa erityisen mielenkiintoisinta on kuitenkin se, että Suomellakin olisi velvollisuus ehdottaa Natura 2000-verkostoon kuuluvan alueen poistamista luettelosta, mikäli alue on muuttunut peruuttamattomasti sopimattomaksi täyttämään direktiivin tavoitteet. Erityisesti on huomattava, että velvollisuus on tuomioistuimen mukaan korostetun tärkeä, jos alue kuuluu yksityiselle omistajalle.